10 grudnia 1872 roku Jan Beyzym pojawił się przy furcie klasztornej ojców jezuitów w Starej Wsi, gdzie został przyjęty do nowicjatu. Po dwuletnim nowicjacie odbył tam studia humanistyczne i filozoficzne. Teologię studiował w Krakowie, gdzie po jej ukończeniu, 26 lipca 1881 roku, z rąk bpa Albina Dunajewskiego przyjął święcenia kapłańskie. Następnie został skierowany do Tarnopola. Tam, w jezuickim konwikcie, przez wiele lat był wychowawcą i opiekunem młodzieży. W roku 1884 odbył ostatni etap duchowej formacji zakonnej, tzw. trzecią probację, pod kierunkiem jej instruktora o. Michała Mycielskiego SJ.

Po ostatnich, publicznych ślubach zakonnych, które złożył 2 lutego 1886 roku, przełożeni wysłali ojca Jana do nowo otwartego konwiktu (gimnazjum z internatem) w Chyrowie, gdzie przez 10 lat był wychowawcą młodzieży. Naukowo-Wychowawczy Zakład w Chyrowie wybudowali jezuici w latach 1883-1886. Jak wspominał wybitny aktor, reżyser i pedagog Janusz Warnecki, jeden z absolwentów chyrowskiego konwiktu: „należał on w owych czasach do najbardziej postępowych. […] Wykładowcy mieli przeważnie dyplomy ukończenia kilku fakultetów, nie licząc obowiązującej każdego zakonnika filozofii i teologii… Zakład posiadał bogatą bibliotekę ogólną, kilkanaście podręcznych księgozbiorów na użytek każdej klasy, gabinety fizyczne i chemiczne, muzeum numizmatyczne, ogromne sale rysunkowe z licznymi wzorami, statuami, służącymi jako modele, bogate gabinety przyrodniczo-zoologiczne przepełnione preparatami egzotycznej flory i fauny, a czasem i żywymi okazami”. Ojciec Jan był także nauczycielem, uczył języka francuskiego i rosyjskiego. Rola nauczyciela nie odpowiadała jednak wrodzonym zamiłowaniom o. Beyzyma.

Przełożeni zakonni, dostrzegając jego pedagogiczne talenty, mianowali ojca Jana prefektem-wychowawcą w konwikcie, a następnie powierzyli mu urząd prefekta szkolnej infirmerii. Temu zajęciu oddawał się całym sercem. Jego wychowankowie wspominają go jako człowieka wprawdzie nadzwyczaj stanowczego i energicznego, o surowym wyglądzie, pracowitego i umartwionego, ale całkowicie oddanego swoim bliźnim. Jeden z konwiktorów pisał o o. Beyzymie, że był lubiany, „gdyż przez «tatarską» fizjonomię przebijało się zawsze jego złote serce”. Ze wszystkich sił angażował się w pracę w infirmerii. Chłopców podupadłych na zdrowiu na własnych rękach przenosił nieraz do lecznicy, nie czekał na służącego czy pielęgniarza, tylko sam szedł do składu po pościel, „ażeby – jak mówił – chory się nie męczył, ale mógł jak najszybciej położyć się do łóżka”. Nie brakowało mu także fantazji i pogody ducha, których nie tracił nawet w czasie największego nawału pracy. Chłopcy dostrzegali w tym groźnie wyglądającym zakonniku o tatarskich rysach dobre i tkliwe serce, dlatego chętnie garnęli się do niego, darzyli życzliwością i zaufaniem. Ulubioną rozrywką o. Jana była uprawa kwiatów. Wyhodowanymi przez siebie kwiatami przyozdabiał pokoje rekonwalescentów, a przede wszystkim ołtarz w infirmerii, przy którym sprawował Mszę św. dla chorych konwiktorów.