Urodził się 15 maja 1850 roku w Beyzymach Wielkich na Wołyniu jako najstarszy z pięciorga dzieci hrabiostwa Jana herbu własnego i Olgi z hrabiów Stadnickich. Do 13. roku życia Jan wraz z młodszym rodzeństwem pobierał nauki pod kierunkiem domowych nauczycieli w Onackowcach. Skazanie zaoczne jego ojca na karę śmierci za udział w powstaniu styczniowym, spalenie przez Kozaków dworu Beyzymów w Onackowcach oraz konieczność ucieczki spowodowały przerwę w edukacji. Po osiedleniu się w Kijowie młody Jan pomagał matce w utrzymaniu rodziny, zarabiając przez udzielanie korepetycji. Rok później mógł na nowo podjąć naukę w gimnazjum, które ukończył w 1871 roku z zamiarem wstąpienia do seminarium duchownego.
10 grudnia 1872 roku Jan wstąpił do zakonu jezuitów. Po dwuletnim nowicjacie oraz studiach humanistycznych, filozoficznych i teologicznych 26 lipca 1881 roku przyjął święcenia kapłańskie z rąk księdza biskupa Albina Dunajewskiego. Po święceniach kapłańskich został skierowany do pracy jako wychowawca młodzieży w konwikcie w Tarnopolu, a następnie – po odbytym wcześniej ostatnim etapie zakonnej formacji duchowej, tzw. trzeciej probacji, oraz złożeniu ostatnich ślubów zakonnych – w konwikcie chyrowskim. Przez 10 lat pracował tam jako wychowawca młodzieży, infirmarz oraz przez pewien czas jako nauczyciel języka francuskiego i rosyjskiego.
Powołanie misyjne
Mimo całkowitego oddania się pracy wychowawczej z młodzieżą ojciec Beyzym pragnął czegoś więcej. Chciał oddać Bogu wszystko, poświęcając się bez reszty w służbie najbiedniejszym i najbardziej nieszczęśliwym, pogardzanym i odrzucanym, trędowatym. Po usilnych staraniach otrzymał od Generała zakonu pozwolenie na wyjazd na Madagaskar. Miał już wtedy 48 lat. 17 października 1898 roku o. Beyzym pożegnał ukochaną Polskę na zawsze i udał się do Francji, skąd 10 listopada odpłynął statkiem pasażerskim z Marsylii na Madagaskar. 30 grudnia tegoż roku dotarł szczęśliwie do Tananarive, stolicy kraju. Od razu został skierowany do pracy w istniejącym od 1872 roku schronisku dla trędowatychw Ambahivoraka.
Od pierwszych chwil swojego pobytu wśród biednych trędowatych pragnął im pomagać, na ile tylko było to możliwe, aby ulżyć im w cierpieniach. Zbierał więc jałmużnę, gdzie tylko to było możliwe, aby ratować ich od śmierci głodowej. Spełniał wobec nich najniższe posługi. Pod wpływem tych właśnie „pierwszych” doświadczeń w sercu o. Beyzyma zrodziło się pragnienie utworzenia szpitala, gdzie ci biedni trędowaci znajdą schronienie i potrzebną im opiekę. Budowa szpitala miała kosztować fortunę, jak na owe czasy, bo ok. 150 000 franków (po przeliczeniu tej kwoty przez aktualną cenę złota w NBP, stanowi ona równowartość ok. 4 500 000 zł).
Kto pomógł o. Janowi zrealizować ten zamiar? Rodacy z Polski, Rodacy z Krakowa. Do nich też zwrócił się z prośbą o tę pomoc. Duże wsparcie otrzymywał o. Beyzym także od Sióstr Karmelitanek z Krakowa. Pieniądze i paczki z różnymi rzeczami osobistymi dla chorych oraz paczki z naczyniami i szatami liturgicznymi wysyłała mu bł. Matka Teresa Ledóchowska. Publikowała też jego listy w czasopiśmie „Echo z Afryki”. O. Beyzym wierzył, że Polska, choć jej w tym czasie nie było na mapie świata, pomoże mu zbudować szpital, bo przecież – jak pisał w jednym ze swoich listów – choć „w kraju bieda, ale serce dobre i miłosierne, więc jakoś to będzie”.
Budowa szpitala
Pod koniec września 1902 roku o. Beyzym opuścił Ambahivoraka, a następnie 3 października wyruszył w drogę – pieszo, w deszczu i spiekocie – do odległej o ok. 395 km Fianarantsoa. Tam, przy ofiarnej pomocy Rodaków z Polski, mimo piętrzących się różnego rodzaju trudności, zbudował szpital dla swoich biednych – jak ich nazywał – „Czarnych Piskląt”. 16 sierpnia 1911 roku ukończony już szpital przyjął pierwszych trędowatych pensjonariuszy. Pierwsi podopieczni o. Beyzyma z Ambahivoraka także przyszli pieszo. Bez jedzenia i noclegu, w skwarze dnia i chłodzie nocy przebyli dystans 395 km, kuśtykając na obolałych, pokrytych wrzodami nogach, nierzadko o zdeformowanych, z licznymi ubytkami, stopach, podpierając się kijami, aby zostać przyjętymi w nowo otwartym przytułku. Tłumacząc zaskoczonemu i zdziwionemu ojcu powód swojego przybycia, mimo długiej i uciążliwej wędrówki, mówili, że wprawdzie w rządowym schronisku dostawali ryż i mięso pod dostatkiem, „ale co z tego, gdy ciało syte, a dusza żyć nie ma jak, bo ani modlić się tam nie może, ani żyć po katolicku”.
Niedługo po wprowadzeniu się trędowatych pensjonariuszy do ich „apartamentów” o. Jan sam podupadł na zdrowiu. W czasie choroby bardzo cierpiał. Na jego ciele pojawiły się odleżyny, nocami jęczał, ale zapytany, czy go bardzo boli, odpowiadał: „Cóż to jest w porównaniu z cierpieniami Chrystusa?”. Przed śmiercią poprosił współbrata zakonnego, który przy nim czuwał, aby poszedł i przeprosił w jego imieniu trędowatych za wszystko, czym ich zasmucił lub skrzywdził. W odpowiedzi chorzy wybuchnęli głośnym płaczem. 2 października 1912 roku o. Beyzym, wycieńczony ponadludzką pracą i surowym trybem życia, odszedł do Domu Ojca.