Relikwia Błogosławionego znajduje się w skrzyneczce wykonanej na Madagaskarze z palisandrowego drewna. Została ona przywieziona do Polski wraz z cenną relikwią 19 grudnia 1993 r. przez ówczesnego prowincjała Prowincji Polski Południowej Towarzystwa Jezusowego, o. Mieczysława  Kożucha  SJ. 2 października 1994 r. relikwie umieszczono w sarkofagu przy jednym z filarów naszej bazyliki. Jest tam także popiersie misjonarza Czerwonej Wyspy, wykonane przez krakowskiego rzeźbiarza Czesława Dźwigaja. Podstawę epitafium zdobi relief wykonany także w brązie, który ukazuje o. Jana Beyzyma pośród swych podopiecznych. Relief został wykonany na podstawie autentycznego zdjęcia. Przez pancerną szybę można zobaczyć palisandrową skrzyneczkę zawierającą relikwię. Po ekshumacji dokonanej na Madagaskarze doczesne szczątki Błogosławionego umieszczono w marmurowym  sarkofagu w Maranie w kaplicy, którą o. Beyzym wybudował i przyozdobił dla swych podopiecznych.

Wielką radością była dla wszystkich wiernych beatyfikacja o. Jana Beyzyma, jakiej dokonał Jan Paweł II 18 sierpnia 2002 r. na krakowskich Błoniach. Powiedział wtedy o heroicznym opiekunie trędowatych: „Pragnienie niesienia miłosierdzia najbardziej potrzebującym zaprowadziło błogosławionego Jana Beyzyma – jezuitę, wielkiego misjonarza – na daleki Madagaskar, gdzie z miłości do Chrystusa poświęcił swoje życie trędowatym. [...] Cieszę się, że ten duch solidarności w miłosierdziu wciąż panuje w polskim Kościele, czego dowodem jest wiele dzieł pomocy społecznościom dotkniętym przez klęski żywiołowe w różnych regionach świata”.