Pod wpływem tych doświadczeń w sercu o. Beyzyma zrodziło się pragnienie utworzenia szpitala na dwieście osób, w którym biedni trędowaci znaleźliby schronienie i potrzebną im opiekę. Budowa miała kosztować ogromne pieniądze – 150 000 franków. (Po przeliczeniu tej kwoty według aktualnej ceny srebra lub złota w NBP, stanowi ona równowartość przynajmniej 4 – 4,5 mln zł). O pomoc materialną zwrócił się wielki dobroczyńca – Polak do społeczeństwa polskiego. W tym celu zaczął korespondencję, wysyłając listy w różne części świata. Głównym jednak adresatem listów o. Beyzyma był miesięcznik „Misje Katolickie”. Publikując swoje listy na łamach tego pisma, pragnął on wzbudzić jak najszersze zainteresowanie losem trędowatych i nędzą, w jakiej żyli, prosząc pokornie o łaskawe wsparcie.

Podczas pobytu na Madagaskarze o. Jan nie wypuszczał pióra z ręki, apelując bardzo skutecznie do tkliwej słowiańskiej duszy Rodaków. Ufał jednocześnie bezgranicznie opiece i pośrednictwu Matki Bożej. I nie zawiódł się. Polacy pospieszyli z pomocą. Z lat 1899-1912 zachowały się długie wykazy składek na budowę szpitala. Przeglądając te dokumenty – przepiękną kartę dobroczynności naszego narodu – ogarnia człowieka zdumienie. Są tam nazwiska ludzi różnych zawodów, pochodzenia społecznego, mieszkańców miast i wsi. Przeważają ubodzy i anonimowi ofiarodawcy. Przy zapisie ich jałmużny znajdują się tylko krótkie objaśnienia, które mówią same za siebie. Duże wsparcie otrzymywał o. Beyzym także od sióstr karmelitanek z Krakowa. Pieniądze i paczki z rzeczami osobistymi dla chorych oraz paczki z naczyniami i szatami liturgicznymi wysyłała o. Beyzymowi bł. Matka Teresa Ledóchowska. Publikowała też jego listy w czasopiśmie „Echo z Afryki”. Ojciec Beyzym wierzył, że Polska, choć jej w tym czasie nie było na mapie świata, pomoże mu zbudować szpital, bo przecież – jak pisze w jednym ze swoich listów – choć „w kraju bieda, ale serce dobre i miłosierne, więc jakoś to będzie”.

Pod koniec września 1902 roku o. Beyzym opuścił Ambahivoraka, a następnie 3 października wyruszył w drogę – pieszo, w deszczu i spiekocie – do odległej o ok. 395 km Fianarantsoa. Schronisko dla trędowatych, w którym o. Jan przez cztery lata opiekował się „czarnymi pisklętami”, zostało zamknięte przez rząd, a jego podopiecznych umieszczono w rządowym schronisku, które znajdowało się o około 6 godzin drogi od Ambahivoraka. Warunki panujące w nowym miejscu były tragiczne: 700 osób stłoczonych w nędznych barakach, umieszczonych tam przemocą i pilnowanych dzień i noc przez policję, by nie uciekły.