Dzięki pismom o. Jana Beyzyma, głównie jego listom, oraz świadectwom tych, którzy osobiście go znali, możemy bez obawy pomyłki czy przesady uchwycić w sposób syntetyczny główne rysy jego duchowości.

To po pierwsze wiara razem z niezłomną nadzieją i wytrwałą miłością w najtrudniejszych nawet okolicznościach życia. Zawsze i we wszystkim wierne i czujne, bo z rozeznaniem, miłowanie i szukanie większej chwały Bożej i większego dobra powszechnego powierzonych mu ludzi, najbiedniejszych i najnieszczęśliwszych jego „czarnych piskląt” – trędowatych w Ambahivoraka i w Maranie. Wielki, ciągły i objawiający się w codzienności życia kult woli Bożej, umiłowanie woli Bożej i bezgraniczne do niej zaufanie. Żywa i bardzo pokorna miłość Osoby Jezusa Chrystusa w tajemnicy Jego krzyża, Eucharystii i Jego najmniejszych braciach. Wszystko ogarniające i głęboko z nim zrośnięte nabożeństwo do Matki Jezusowej – Maryi. Ten rys tak bardzo znamienny stawia go obok św. Maksymiliana Marii Kolbego. Kult Aniołów Stróżów i świętych orędowników. Przywiązanie do Kościoła katolickiego, wyrastające z tradycji narodu (semper fidelis) i z formacji zakonnej1, troska o wzrost i czystość, to jest wolność od błędów przeciw wierze i od grzechów.

Miłość troskliwa i opiekuńcza względem trędowatych, z czym łączy się apostolska gorliwość o zbawienie dusz wszędzie, a zwłaszcza na Madagaskarze i Sachalinie. Ta troska, ten zelus animarum wprost go pożera. Stąd rodzi się ustawiczny ból z powodu grzechów i walka z okazjami do grzechów, stąd uparte i niezmordowane zabiegi przez przeszło dziesięć lat o prawdziwy szpital nie tylko dla dobra chorych ciał, lecz także dla dobra dusz powierzonych mu ludzi.

Dalej rysy typowo ignacjańskie – kryteria wyboru prac i posług apostolskich2, miłość roztropna (caritas discreta), pragnąca i umiejąca wybierać we wszystkim to, co w danej chwili służy większej chwale Boga i większemu dobru powszechnemu  ludzi, misyjna, apostolska, gotowa udać się na inne pole pracy, przekazując dokonane już dzieła innym, by trudzić się na nieuprawionym ugorze, np. na Sachalinie. Innymi słowy, typowa mobilitas ignatiana. Zakonny rys posłuszeństwa, bo o. Beyzym nie sam siebie posyła, ale jest posłany w Kościele przez przełożonych. Jego działalność misyjna jest w ramach posłuszeństwa, nawet kiedy musi od niższych przełożonych odwołać się czasem do wyższych. Często bywało to posłuszeństwo bolesne.

Jego pragnienie „więcej” – magis, czyli jego wielkoduszność, porusza się i działa na solidnej bazie „świętej obojętności”, a więc gotowości na wszystko, czego od niego zażąda wola Boża, wola Matki Najświętszej, przejawiająca się w woli przełożonych lub w wydarzeniach i sytuacjach życia. To postawa duchowej wolności, bycia do dyspozycji Boga, a zarazem duchowego ubóstwa, bo nieposiadającego niczego, nawet własnej woli i własnego upodobania.  Jest cały wydany woli i upodobaniu  Boga. W ten sposób pragnie być uległym narzędziem Boga i Maryi w wypełnianiu zbawczego planu Stwórcy i Zbawcy.

Wszystko w życiu o. Jana Beyzyma dzieje się w ustawicznej modlitwie. Modlitwa to niczym oddech jego duszy. Jest – za wzorem św. Ignacego Loyoli – „kontemplatywny w działaniu”. Zapracowany, niedosypiający, pełen codziennych trosk, borykający się z tysięcznymi trudnościami, ale równocześnie człowiek modlitwy, która jest źródłem jego siły. Nie mając wiele czasu na modlitwę, modli się zawsze i wszędzie, szukając i znajdując Boga we wszystkim w duchu Ćwiczeń duchownych i Konstytucji Towarzystwa Jezusowego. Jest w nim pewien rys Pawłowy – to rozdarcie serca między pragnieniem nieba z tęsknoty za Bogiem, Jezusem i Maryją a pragnieniem pozostania na ziemi, by jak najdłużej służyć i pomagać najnędzniejszym z ludzi, których nie chce opuścić (por. Flp 1, 21-24).

O. Beyzym był człowiekiem prostym, prawym i dlatego bardzo pokornym. Prostota jego listów, unikanie wszelkiej przesady nie tylko w treści, lecz także w stylu, uważanie za zwyczajny obowiązek tego, co inni uważaliby za heroizm z jego strony, biedne i pokorne oddanie się biednym i pokornym nędzarzom, przypisywanie wszystkiego, co dobre, Bogu, Jego darom i wstawiennictwu Maryi oraz modlitwom innych za niego i za jego „pisklęta”, żywa świadomość swej małości i omylności, więcej – swej niegodności i grzeszności – oto przejawy jego pokory. A jest to pokora mężna i cierpliwa. Ponieważ nie polega na sobie, nie ufa sobie. O. Beyzym jest mężny darem męstwa, jest cierpliwy jak człowiek, który zapatrzony w Jezusa ukrzyżowanego wie, że „nie ma kącika bez krzyżyka” i że per crucem ad lucem. Choć w nim niekiedy wszystko „kipi”, zdany jest na wolę Boga i Maryi i trwa, cierpi, czeka i znosi wszystko cierpliwie. Powtarza sobie często słowa Jezusa: „W cierpliwości waszej posiądziecie dusze wasze” (Łk 21, 19).

Ponieważ jest pokorny, umie być wdzięczny. Wdzięczność jest pięknym rysem jego duchowości. Bogu, Maryi i ludziom jest szczerze i za wszystko wdzięczny. Często w poczuciu własnej nieudolności i słabości prosi Maryję, by w swej hojności wynagradzała wszelkie dobro wyświadczone jemu i jego podopiecznym. Jest zbyt prawy, uczciwy i pokorny, by mógł być niewdzięczny.

O. Beyzym jest ubogi i kocha ubóstwo, zwłaszcza że żyje wśród najuboższych, przymierających głodem, nawet umierających z głodu. Żyje biednie i oszczędnie, nie lepiej niż jego „czarne pisklęta”, dzieląc we wszystkim ich los. Kocha ich i jest solidarny z nimi w ich ubóstwie. Życie o. Beyzyma na co dzień było surowe, twarde, umartwione. Nigdy nie dogadzał sobie, żyjąc wśród trędowatych jak jeden z nich i to przez czternaście lat. Życie to było sprawdzianem  jego ofiarnej i służebnej miłości do Jezusa w tych biednych i nieszczęśliwych braciach i siostrach. I nigdy nie skarżył się i nie uważał tego rodzaju życia za wielkie poświęcenie.

Był realistą, człowiekiem praktycznym  i przewidującym, trafnie oceniającym sytuacje i nieznoszącym połowiczności i tego, co nazywał „prowizorium”. Nie uznawał słów beztroskich, że „potem”, że „później”. Natomiast gdy trzeba było czekać, bo nie było innego wyjścia, widział w tym wolę lub dopust Boga i umiał cierpliwie i wytrwale czekać.

Będąc człowiekiem wiernej przyjaźni (a miał wielu przyjaciół), był bardzo ludzki, prosty, bez pozy, szczery i otwarty. Jego listy pełne naturalnej swady trafiają do serca czytelnika właśnie dzięki autentyzmowi szczerości, prostoty i pokory, przyprawione niekiedy pogodną żartobliwością, ale bez cierpkiej ironii.

Jego roztropność  i dyskrecja były troską o zbudowanie bliźnich, o niegorszenie nikogo. To, co pisał w osobistych, poufnych listach do przyjaciół, a co bywało nierzadko bolesne, miało pozostać w skrytości jako pobudka do modlitwy za niego i jego trudne życie – bez rozgłaszania na dachach.

Dobrze wychowany w rodzinie w trudnych czasach niewoli lata chłopięce miał twarde, ubogie i pracowite. Dobrze wychowany w zakonie lata młodzieńcze i męskie przeżył w pracy wychowawczej i pielęgniarskiej w konwiktach tarnopolskim i chyrowskim. Schyłek zaś życia (od 48. do 62. roku) oddał na posługę trędowatym na obcej mu ziemi aż do całkowitego wyniszczenia. Człowiek niezłomnej wiary, nadziei i wielkiej, czynami sprawdzonej miłości, człowiek dobroci i miłosierdzia, zakonnik na serio traktujący swoje powołanie i wdzięczny za nie Bogu i Matce Najświętszej, apostoł gorliwy o dusz zbawienie, szukający dobra trwałego i wytrwały w jego realizacji, stawiający mężnie czoła trudnościom, kuszony do zniechęcenia, ale z pomocą łaski zwyciężający te pokusy, był o. Beyzym sługą Boga i ludzi, mężem dzielnym o duszy dziecka w ewangelicznym znaczeniu tego słowa.

Nie było w nim nic z targanego wątpliwościami Hamleta, ale za to wiele z Jana Chrzciciela, wiernego Jezusowi przyjaciela – sługi, umiejącego maleć dla Jego wzrostu, w niczym niepodobnego do trzciny chwiejącej się na wietrze. Bije z niego siła wiary i miłości, prostoty i codziennej zwyczajności ożywianej pragnieniem większego daru (magis) w pełnej ofiary służbie innym, bez domieszki szukania siebie. Człowiek proegzystencji, wierny naśladowca Jezusa wydanego do końca Bogu i ludziom, i to tym najbardziej wzgardzonym i odepchniętym przez wszystkich. To była miłość Jezusa ukrzyżowanego w Jego cierpiących członkach. Tej miłości o. Beyzym pozostał do końca wierny – aż do swojej jakże bolesnej śmierci.