Ojciec Beyzym bolał bardzo z powodu przewlekania się budowy szpitala w Maranie. Doprowadzało go to niekiedy do granic desperacji, chciał wracać do kraju, oddawszy jałmużny ofiarodawcom, albo udać się do katorżników na Sachalin, gdzie nie miałby tyle trudności ze strony nieżyczliwych mu ludzi. Zdawał sobie jednak sprawę, że z pomocą Maryi trzeba wytrwać do końca, a trudności przyjmować jako „krzyżyki od Pana Jezusa”.

Rzeczą dla Ojca Beyzyma kluczową w sprawie szpitala była separacja chorych według płci. Widział jej absolutną konieczność, tak dla racji zdrowotnych, higienicznych, żeby trąd się nie szerzył, zwłaszcza nie zarażał małych dzieci, jak i dla racji moralnych, żeby nie panoszyła się wśród chorych rozpusta. Bp Cazet i większość misjonarzy nie wierzyła, żeby ten śmiały eksperyment miał się Ojcu Beyzymowi udać. Nieliczni, głównie lekarze, ojciec Karol Décès, ojciec Józef Loiselet i doktor Beigneux oraz wizytator ojciec Herrengt,  popierali koncepcję Ojca Beyzyma. On sam całą ufność złożył w Matce Bożej oraz w skuteczności modlitwy i sakramentów świętych.

Broniąc swego stanowiska w tej sprawie, Ojciec Beyzym opracował krótki memoriał, w którym podał istotne racje za separacją i przeciw niej (stosując tu metodę wyboru z Ćwiczeń duchownych św. Ignacego). Opierał się także na doświadczeniu i obserwacji.

Jakże cieszył się, kiedy po dziesięciu prawie latach, 16 sierpnia 1911 roku, zdołał wprowadzić „swoje czarne pisklęta” do prawdziwego, jedynego w tym rodzaju na wyspie, szpitala. Ufał Maryi i był przekonany, że szpital ten będzie służył większej chwale Boga i dobru chorych. Dzięki Maryi również i trudny problem separacji płci został pomyślnie rozwiązany.

Szpital ten powstał jako dzieło ufności pokładanej w Bogu, Maryi i miłosierdziu dobrych ludzi. Ojciec Beyzym odważał się żebrać, nazywając się żebrakiem Pana Jezusa, bo w rzeczy samej żebrał dla Jezusa biednego i cierpiącego w trędowatych. Wśród ludzi, którzy mu wiernie modlitwą i jałmużną pomagali, były obie dziś błogosławione siostry Ledóchowskie – Teresa i Urszula, za co był im szczerze wdzięczny, a z nim i jego chorzy.

O miłości Ojca Beyzyma do trędowatych świadczy fakt, iż miał wśród nich prawdziwych przyjaciół – Michała Rabary i jego żonę Dionizę, Józia Rainilaivao, który przez wstawiennictwo Matki Bożej Częstochowskiej cudownie odzyskał wzrok, Rafała, Pawła i innych.

Stosunek Ojca Beyzyma do trędowatych, znany nam z jego listów i świadectw ludzi, którzy widzieli i oceniali jego pracę dla powierzonych mu chorych, na przykład ojca Wiktora Herrengta, ojca Augustyna Niobeya, ojca Leona Derville’a, ojca Karola Décèsa i ojca Józefa Loiseleta oraz siostry Anny Marii od Nawiedzenia, udowodnił ponad wszelką wątpliwość jego z żywej wiary płynącą miłość do nich, miłość rzetelną, opere et veritate, będącą owocem jego miłości do Jezusa żyjącego w Jego cierpiących członkach. Czternaście lat tej pracy, tej „obsługi” trędowatych ze strony ich „posługacza” jest niezbitym dowodem wielkoduszności i mocy, pokory i wyrzeczenia się siebie ponad przeciętność ludzkiej miary.