Współczucie nad nędzą i opuszczeniem trędowatych było dla Ojca Beyzyma ustawicznym bodźcem do zabiegania o budowę schroniska-szpitala, gdzie mogliby być nie tylko prawdziwie pielęgnowani, lecz także leczeni i chronieni od zepsucia moralnego, które panoszyło się w schroniskach rządowych.
Troska Ojca Beyzyma o chorych miała w sobie coś ojcowskiego i macierzyńskiego zarazem. Wyznał ojcu Czermińskiemu, że podczas gwałtownej burzy z piorunami mógł po całym dniu utrudzenia spać spokojnie, ale kiedy chorzy zastukali do furtki, szukając u niego pomocy, natychmiast słyszał i zrywał się, by im służyć. W ojcowskiej trosce o karność nigdy nie posunął się do tego, by miał chorego uderzyć. Wolałby sam dostać sto kijów.
Ojciec Augustyn Niobey SJ, który z bliska patrzył na pracę Ojca Beyzyma dla chorych, wyznał już po jego śmierci, że „jego poświęcenie dla trędowatych było niezrównane”. W swym ubóstwie dzielił się wszystkim z chorymi, pamiętając o słowach Jezusa: „Coście uczynili jednemu z tych moich braci, Mnieście to uczynili”. Podobne jest świadectwo ojca Leona Derville’a o miłości Ojca Beyzyma do chorych. Jego miłość do nich była ojcowska, gdyż ich nie rozpuszczał, umiał ich wychowywać, a w razie potrzeby i skarcić, raz łagodnie, raz ostro, zależnie od okoliczności. Dlatego starał się być stale z chorymi, „ani na krok nie oddalam się nigdzie”.
Czuł się głęboko odpowiedzialny przed Bogiem, przed Towarzystwem i przed ofiarodawcami za swoją misję wśród trędowatych, za szpital dla nich. Dlatego odrzucał wszelkie pokusy „prowizorium” podsuwane mu lub wprost narzucane przez bpa Jana Chrzciciela Cazeta albo przełożonego misji, ojca Alojzego Verleya. Był spokojny w sumieniu jak człowiek, który wiernie wypełnia swoje obowiązki. Był nieustępliwy, bo wierny, choć mu zarzucano upór lub nieposłuszeństwo.
Natomiast niektórzy ojcowie z misji w Betsileo wyrzucali mu zbytnią uległość i łagodność w postępowaniu i radzili mu działać ostrzej, energiczniej, oczywiście salva oboedientia et reverentia – z zachowaniem posłuszeństwa i szacunku dla przełożonych. Jak pogodzić wierność otrzymanej misji i wierność posłuszeństwu, kiedy rozkazy nie były zgodne z misją? Ratunku i rozwiązania tego problemu moralnego szukał Ojciec Beyzym u Maryi. Od Niej miał powołanie, od Niej i pomoc. Ona mogła się nim posłużyć jak swoim narzędziem dla zbudowania szpitala i opieki nad chorymi wbrew wszystkim trudnościom, nawet ze strony przełożonych...
W trosce o trędowatych cechowała go prawość i dobrze pojęta tolerancja. Co według niego miało decydować o przyjęciu do schroniska? Dwie sprawy: czy dany człowiek był prawdziwie chory na trąd i czy było miejsce dla niego. Inne względy nie grały roli.
CHORY A OKO W GŁOWIE TO JEDNO
Ojciec Beyzym dbał pilnie o to, by jałmużny, napływające głównie z Polski, nie szły na inne cele misyjne, ale na budowę szpitala, bo taka była wola ofiarodawców. Matce Stanisławie, urszulance, wyznał, że kierował się zawsze zasadą: „Chory a oko w głowie to jedno”. Dlatego jego troska i staranie o chorych schodziły do szczegółów bardzo konkretnych i praktycznych. Te „duże dzieci” próżnując, nie mając się czym zająć, grzeszą w bezczynności i lenistwie. Ojciec Beyzym prosił ojca Marcina Czermińskiego, ojca Stanisława Hankiewicza i innych o przysyłanie mu albumów, rysunków, rycin, różnych ilustracji, żeby chorych oderwać od złych myśli i zachcianek, a zająć ich czymś dobrym, a nawet pięknym. Prosił także ojca Hankiewicza o katarynkę i pozytywkę dla radości chorych i dziękował za nie. Prosił też o obrazy potrzebne do katechizacji, na przykład narodzenie Pana Jezusa, Jezus w grobie, Zmartwychwstanie, obraz piekła i śmierci grzesznika zatwardziałego.
Dbając o religijny i moralny postęp swoich „piskląt”, urządzał dla nich co tydzień lekcję katechizmu. Przygotowując chorych do spowiedzi, sam się przed nimi dla przykładu spowiadał. Także siostrom zakonnym, pracującym w schronisku od połowy 1911 roku, dawał co tydzień lekcje katechizmu, co miesiąc egzortę i raz w roku ośmiodniowe rekolekcje. W Wielkim Tygodniu prowadził z chorymi rekolekcje trzydniowe w duchu Ćwiczeń duchownych św. Ignacego Loyoli.