Ponieważ Ojciec Beyzym widział w trędowatych cierpiącego Jezusa Chrystusa, kochał ich, szanował i stawał w ich obronie. Zwalczał bezpodstawne opinie, jakoby trąd nie był bolesny. Chciał ich kochać i od nich tego żądał – opere et veritate, a nie verbo et lingua – „uczynkiem i prawdą”, a nie „słowem i językiem” tylko. W listach nazywał ich czule „czarnymi pisklętami” lub swoim „czarnym ptactwem”. Chciał jak najdłużej żyć dla chwały Bożej i pracować dla dobra swoich piskląt: „Nie opuściłbym za nic swoich piskląt”; „Wolałbym umrzeć niż opuścić tych biedaków”.
Trędowaci ze swej strony byli mu szczerze wdzięczni i troskliwi o niego w jego chorobie. Kiedy musiał opuścić Ambahivoraka, by udać się do Marany dla budowy schroniska, przy rozstaniu z chorymi objawiła się wyraźnie ich miłość, aż do łez szczera i serdeczna. Płakał wśród ogólnego płaczu swoich piskląt. „Płakałem jak mały dzieciak”. Rzecz znamienna, że nawet w poufnych listach do ojca Czermińskiego Ojciec Beyzym nigdy nie żalił się na trędowatych, nigdy ich nie oskarżał. Cieszył się bardzo, że dzięki jego staraniom i jałmużnie nadsyłanej z Polski jego „czarne ptactwo” już nie umiera z głodu.
Troska Ojca Beyzyma o trędowatych dotyczyła nie tylko ciała, ale przede wszystkim ich dusz. Bolał nad tym, iż jeszcze nie umiał po malgasku, że nie mógł ich spowiadać ani katechizować. Prosił Matkę Bożą o pomoc w opanowaniu tego języka.
W początkach, kiedy głód panoszył się w schronisku i chorzy bardziej umierali z wycieńczenia niż z trądu, Ojciec Beyzym dzielił się z nimi swoją skromną porcją jedzenia, oddawał im swój chleb i płakał ukradkiem nad ich niedolą. Na wszelki sposób starał się ulżyć ich cierpieniom. Sporządzał im prymitywne, ale pomocne protezy, żeby mogli jeść i choć trochę pracować. Opatrywał ich bolesne, obrzydliwe i cuchnące rany, nie bojąc się zarażenia, czym budził ich podziw i pozyskiwał zaufanie. Nie brzydził się ich ranami, ale chciał je mieć na sobie, gdyby przez to mógł im ulżyć. Widząc, jak trudno im pracować okaleczonymi rękami, pisał, że „najchętniej zrobiłby wszystko za nich wszystkich, żeby im tylko oszczędzić cierpienia”.
Od samego początku pracy dla trędowatych narastała w nim szczera, ojcowska i braterska zarazem miłość do nich. Pragnął ich kochać uczynkiem i prawdą, a nie szumnymi frazesami. Stali mu się drodzy i bliscy. Gdy „dawne jego ptactwo” z Ambahivoraka przybywało grupami do Marany w roku 1904, ogarniała go radość, witał się z nimi „jak z krewnymi”, dziękował Maryi za ich szczęśliwą podróż do niego.