Otwarcie dochodzenia kanonicznego dotyczącego życia i świętości o. Jana Beyzyma odbyło się dopiero 17 grudnia 1984 r. w Kurii Metropolitalnej w Krakowie (dokonał go ks. kard. Franciszek Macharski), a następnie w Fianarantsoa na Madagaskarze. Wicepostulatorem procesu był o. Czesław Drążek SJ, zmarły w 2009 r. 6 czerwca 1986 r. nastąpiło zamknięcie procesu w kaplicy Kolegium Jezuitów przy ul. Kopernika 26 w Krakowie. 21 grudnia  1992 r. w Sali Konsystorza w Watykanie, w obecności Jana Pawła II, został ogłoszony Dekret Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, stwierdzający heroiczność życia i cnót Sługi Bożego o. Jana Beyzyma SJ.

13 marca 2002 r. ks. kard. Franciszek Macharski zamknął dochodzenie kanoniczne super miro w archidiecezji krakowskiej, dotyczące nadzwyczajnego uzdrowienia młodego człowieka (po wypadku drogowym w 1997 r.), przypisywanego wstawiennictwu Sługi Bożego o. Jana Beyzyma SJ. Zgromadzona dokumentacja procesowa, na którą składają się zeznania świadków, opinie lekarzy oraz inne materiały, została przekazana do analizy i oceny przez Kongregację Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie.

W bazylice Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie drugiego dnia każdego miesiąca o godz. 15.30 sprawowana  była Msza św. o rychłą beatyfikację Sługi Bożego o. Jana Beyzyma. Wierni żarliwie prosili Boga o potrzebne łaski za przyczyną „Posługacza trędowatych”; modlili się przed jego relikwiami, kośćmi z prawej ręki, którą wielekroć jako kapłan błogosławił, którą opatrywał ropiejące rany chorych na trąd i którą pisał listy. W animowanie modlitwy o beatyfikację o. Jana Beyzyma bardzo aktywnie włączyli się członkowie Towarzystwa Przyjaciół Trędowatych, którzy obecnie pomagają ośrodkom dla trędowatych na Madagaskarze oraz w Indiach. Jego przedstawiciele czytali Słowo Boże oraz modlitwę wiernych. Odczytywali też fragmenty z listów o. Beyzyma.