Mimo całkowitego oddania się pracy wychowawczej z młodzieżą w chyrowskim konwikcie o. Beyzym pragnął czegoś więcej. Pragnął jeszcze więcej, „całkowicie i bez reszty” poświęcić się Bogu, służąc ludziom najbardziej nieszczęśliwym, najbardziej pogardzanym i odrzucanym, najbiedniejszym z biednych. W wieku 48 lat (1898 rok), po wieloletniej pracy wychowawczej wśród młodzieży, o. Beyzym zdecydował się na wyjazd do pracy na polu najbardziej opuszczonym, mrożącym w owych czasach krew w żyłach – wśród trędowatych. Po usilnych staraniach otrzymał od generała zakonu pozwolenie na wyjazd na Madagaskar. 17 października 1898 roku o. Beyzym pożegnał Polskę na zawsze i udał się do Francji, skąd 10 listopada odpłynął statkiem pasażerskim z Marsylii na Madagaskar. Po długiej i uciążliwej podróży 30 grudnia tegoż roku dotarł szczęśliwie do Tananariwy, stolicy Czerwonej Wyspy. Tamtejsi przełożeni skierowali o. Beyzyma do pracy w istniejącym od 1872 roku schronisku dla trędowatych w Ambahivoraka, położonym niedaleko stolicy kraju.
Pierwsze zetknięcie się z tamtejszą rzeczywistością było przytłaczające. Jak pisze w jednym z listów adresowanych do o. Marcina Czermińskiego SJ: „Jadąc sądziłem, że zastanę, jeżeli nie porządny, to przynajmniej siaki taki szpital, a zastałem najokropniejszą nędzę i nic więcej”. W rzeczywistości była to „dziura, w której i psów nie godziłoby się trzymać”. Chorzy, których przebywało tam wtedy 150, zamieszkiwali walące się baraki, podzielone na salki, bez okien, podłóg i najpotrzebniejszych sprzętów. W porze deszczowej mokli, a wielu leżało w błocie. Trędowatym dokuczały choroby weneryczne, parchy i wszy. Władze cywilne i większość społeczeństwa pozbawiły nieszczęśliwych prawa egzystencji, uważając wszystkich za wyrzutków, niegodnych miana człowieka. Chorych wyrzucał wójt ze wsi do schroniska, a jeśli któryś próbował do wsi wrócić, karał go chłostą. Gdy chorzy zbliżali się do osiedli z prośbą o jałmużnę, odpędzano ich kijami i kamieniami. I tak wielu tych nieszczęśliwych włóczyło się po bezludnych miejscach, póki mogli, aż wreszcie wycieńczeni padali i umierali z głodu.
Za zgodą przełożonego, na początku lutego 1899 roku, o. Beyzym zamieszkał w małym domku obok baraków dla chorych. Domek z niewypalanej cegły oraz kaplicę dla chorych ojciec wybudował sam. Kawałek gruntu na ten cel, obok „baraków”, w których mieszkali chorzy, otrzymał od mieszkańca pobliskiej wioski. Ruiny obu budowli oraz „baraków” dla chorych istnieją do dziś.
Od pierwszych chwil swojego pobytu wśród trędowatych o. Beyzym pragnął pomagać tym biedakom, aby ulżyć im w cierpieniach, na ile tylko było to możliwe. Zbierał jałmużnę, gdzie tylko mógł, aby ratować ich od śmierci głodowej. Spełniał wobec nich najniższe posługi. W dziejach misji na Madagaskarze był pierwszym kapłanem, który na stałe zamieszkał wśród trędowatych, stał się współtowarzyszem ich niedoli, wciąż o nich myślał i obsługiwał, nie zważając na to, że może się zarazić. Prosił nawet Matkę Najświętszą, aby „raczyła dotknąć go porządnym trądem”, by uprosić u Pana Boga polepszenie doli chorych i zbawienie jak największej liczby trędowatych. Uważał, że jako trędowaty będzie miał prawo powiedzieć Panu Jezusowi: „Dałem duszę za moich braci”.
Chcąc jakoś umilić swoim podopiecznym życie w ich niedoli, pragnął założyć ogród kwiatów otoczony drzewami brzozy, aby nieszczęśliwcy mieli czym ucieszyć oko. Ale nie tylko. Głównym powodem tego nowego „hobby” był nieprzyjemny zapach, jaki wydzielały ropiejące rany trędowatych. Dla „zabicia” go o. Beyzym zaplanował założenie ogrodu z wonnymi różami i innymi pachnącymi kwiatami. W tym celu, pisząc do Polski, prosił o nasiona lewkonii, rezedy, o cebulki hiacyntów, białych lilii, nieśmiertelników, pełnych astrów oraz o nasiona płaczącej brzozy. Wokół szpitala, w przeciwieństwie do reszty terenu, z tego samego powodu sadził sosny, gdyż mają one przyjemny zapach. W pobliżu budynków szpitala wzniesionych przez o. Beyzyma jeszcze dzisiaj widoczne są wysadzane sosnami aleje i ogródki pełne pachnących kwiatów. To wszystko zaprojektował i zrealizował sam jego Budowniczy – o. Beyzym.
Trędowatych traktował na równi z innymi ludźmi. Dostrzegał w nich prawdziwe ludzkie wartości. Jego poświęcenie i troska budziły podziw samych chorych. Kiedy po raz pierwszy opatrywał im rany, otoczyła go spora grupa trędowatych, którzy przypatrywali się uważnie temu, co robił. Jeden z nich zawołał głośno do drugiego: „Patrzaj, patrzaj, on rany dotyka i nie boi się”. Dla o. Beyzyma liczył się przede wszystkim człowiek.