Jan Beyzym pochodził z dawnych Kresów Wschodnich Rzeczypospolitej. Przyszedł na świat 15 maja 1850 roku jako pierworodny syn hrabiostwa Jana i Olgi Beyzymów. Prawdopodobnie miejscem jego urodzenia był mały dworek w majątku hrabiostwa. Posiadłość ta dzisiaj nosi nazwę Beyzymy.

Niewiele wiadomo o okresie wczesnego dzieciństwa Janka. Zgodnie ze zwyczajem w rodzinach arystokratycznych dzieci kształciły się w domu pod okiem guwernantki oraz domowych nauczycieli. Tak też było w przypadku państwa Beyzymów. Wraz z młodszym rodzeństwem Janek do trzynastego roku życia pobierał nauki w rodzinnym dworku w Onackowcach. Kiedy ów dwór został splądrowany i spalony przez Kozaków, matka wraz z dziećmi przeniosła się do Kijowa. Ojciec w tym czasie, za udział w powstaniu styczniowym, został skazany zaocznie na karę śmierci. Przedostał się potajemnie do Galicji i osiadł w Porudnem koło Jaworowa, gdzie zajmował się zarządzaniem majątkiem swego krewnego. Z rodziną kontaktować się nie mógł.

Aby pomóc matce w utrzymaniu i wykształceniu rodzeństwa, Janek udzielał korepetycji, pomagał też w zajęciach gospodarskich. Rok później mógł już uczyć się w II Gimnazjum w Kijowie. Kiedy z czasem jego rodzina odzyskała część majątków na Wołyniu, Janek miał wreszcie warunki, by kontynuować naukę w gimnazjum, które ukończył w 1871 roku z zamiarem wstąpienia do seminarium duchownego. Przez rok pracował jednak w gospodarstwie swojego wuja w Śledziach. Następnie przedostał się do Porudna, aby tam, po wielu latach rozłąki, spotkać się z ojcem. Przed nim odkrył swoje pragnienie zostania kapłanem i poświęcenia się pracy wśród ludu Podola. Być może za sugestią ojca, który utrzymywał bliski kontakt z jezuitami, podjął decyzję wstąpienia do tego zakonu.