Bazylika Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie jest ważnym ośrodkiem kultu bł. o. Jana Beyzyma. To właśnie z tego miasta w 1898 r. o. Jan wyruszył z misją na Madagaskar, gdzie przez 14 lat opiekował się chorymi na trąd. Przed wyjazdem odwiedzał siostry karmelitanki na Wesołej przy ul. Kopernika, a także przy ul. Łobzowskiej. Zaprzyjaźnił się z nimi, tak że w przyszłości stały się one modlitewnym zapleczem dla jego misjonarskiej posługi. Do dzisiaj w obu Karmelach z pietyzmem przechowuje się listy własnoręcznie pisane przez o. Beyzyma.

Przy ul. Kopernika nie było jeszcze wtedy jezuickiej bazyliki, w tym miejscu stała niewielka kaplica, obok której mieszkała wspólnota jezuitów. W tym czasie rozwijało się Wydawnictwo Apostolstwa Modlitwy powstałe w 1872 r. To właśnie tu wydawane były „Misje Katolickie” prowadzone przez o. Czermińskiego. Na łamach pisma publikowane były listy o. Jana Beyzyma, w których opisywał tragiczny los trędowatych na Madagaskarze. O swojej pracy duszpasterskiej pisał 28 czerwca 1902 r. do karmelitanek w Krakowie:

„Moje pisklęta odprawiły rekolekcje, wprawdzie niełatwo to szło, no ale poszło. Teraz wciąż uczymy się katechizmu, ale zastosowując go na każdym kroku do życia codziennego, tj. nauczą się na pamięć, ja im tłumaczę, jak umiem, i mówię, a kiedy zrozumieją, to im wciąż powtarzam, że muszą to w czyn wprowadzić, bo inaczej wszystko na nic. Dzięki Bogu, bardzo wprawdzie jeszcze słabiutko, ale już zaczyna się moje czarne ptactwo odrywać od ziemi tej, a podnosić serce do Nieba. W obyczajach zauważyłem już trochę zmiany na lepsze – dzięki za to Matce Najświętszej, która to sprawia, a potem moim drogim Matkom, które to wymadlają u Matki Najświętszej”.

Ojciec Jan Beyzym zmarł w opinii świętości 2 października 1912 r. w Maranie na Madagaskarze. Jego postać była dość szeroko znana Polakom żyjącym pod trzema zaborami. Wybuch I wojny światowej w 1914 r., a następnie jeszcze bardziej okrutnej II wojny światowej na wiele lat oddalił rozpoczęcie procesu jego beatyfikacji.