Ojciec Jan Beyzym był człowiekiem wiary i zawierzenia w pełnym, augustyńskim znaczeniu tych słów. Z prostotą dziecka wierzył w Boga (credo in Deum), któremu wydawał się świadomie na pełnienie Jego świętej i dobrej woli. Wiara wyniesiona z domu rodzinnego rosła w nim z latami, przenikając całe jego życie i stając się dlań źródłem światła i mocy. Duch głębokiej wiary pozwalał mu patrzeć na wszystko jako pochodzące od Boga czy to dla naszego uświęcenia, czy dla objawienia Jego wszechmocy. Wśród przeciwności przyjmował wszystko z jednakowym usposobieniem. Wiara ożywia wszystkie jego czyny, nawet najskromniejsze. Poznać to można po skupionym i godnym sposobie czynienia znaku Krzyża świętego.

Ojciec Beyzym głęboko współczuł ludziom, którzy nie żyją z wiary. „Tylu ludzi ciężko pracuje i cierpi, żeby sobie we wszystkim dogodzić. Pieniędzy nazbierają huk, życie spędzają w wygodzie, w niegodziwym zbytku, głusi i ślepi na nędzę bliźnich. Nadchodzi śmierć i z czym tu stanąć przed sądem Bożym? Straszno myśleć o tym”.

Na nieszczęścia, na przykład na klęskę powodzi w Krakowie w 1903 roku, na śmierć wiernego przyjaciela Mariana Morawskiego SJ patrzy oczyma wiary. We wszystkich wydarzeniach widzi Boży zamiar dla naszego dobra, raduje się szczęściem niebieskim zmarłego i zawsze godzi się z wolą Bożą. Wierząc w życie wieczne w niebie, cieszył się szczęściem zbawionych. Umarło w schronisku tygodniowe niemowlę ochrzczone przez niego i pochowane w święto Matki Bożej Różańcowej. A oto jego reakcja: „Często przychodził mi na myśl ten szczęśliwy malec i cieszyłem się jego szczęściem. Poszedł prosto do nieba”.

Doceniając dobrodziejstwo wiary i przynależności w wierze do Kościoła, dbał i zabiegał o nawrócenie do wiary, radując się nimi. „Pobłogosławił mi Bóg w tym roku. Ochrzciłem sześciu protestantów i dziewiętnastu pogan. Wszyscy chorzy są teraz katolikami”. Innym razem pisał do ojca Czermińskiego, że ochrzcił dwudziestu kilku chorych. Prosił, by ojciec Czermiński pamiętał o nich we Mszy św., chce ich bowiem przygotować do I Komunii św. i uczy ich katechizmu z mozołem. „Robię, co mogę, resztę uzupełni Matka Najświętsza”.

Raduje go szczerze żywa wiara jego podopiecznych, którzy przy śmierci swoich bliskich mówią, że „trzeba się modlić, zamiast płakać”. „Pocieszyło mnie to – pisze – że garną się do Boga moje pisklęta”. Kiedy musi ich odwodzić od grzesznych zwyczajów i obyczajów, każe im pamiętać, że już nie są poganami, ale katolikami, że muszą żyć z wiary, po katolicku.

Jego wiara jako dar Boży jest bardzo pokorna, nie me w niej ani cienia dufności. Oddając się Maryi nawet na śmierć męczeńską na Sachalinie, o jedno Ją prosi: „by mnie uchroniła od odpadnięcia od wiary naszej świętej”. Jest w nim wraz z wiarą głęboko zakorzeniona święta bojaźń, by nie utracić wiary.

Beyzym czuje się odpowiedzialny za wiarę i za Kościół święty. Martwią go i oburzają ataki duchownych prawosławnych na wiarę katolicką i nie szczędzi im w liście do ojca Czermińskiego cierpkich słów. Niepokoi go los wierzących katolików w carskiej Rosji, bo „schizma podnosi głowę” i atakuje wiarę katolicką. Oburza się z niepokojem na nowo powstałą sektę mariawitów, zwanych potocznie „mankietnikami”, odciągają bowiem ludzi od wiary katolickiej. Jego troska o wiarę, jej czystość, wierne trzymanie się nauki i zaleceń Kościoła przejawiła się między innymi w spaleniu protestanckiego wydania Nowego Testamentu po francusku, które mu ktoś, chyba w dobrej wierze, podarował. „Będzie o jedną książkę heretycką mniej na świecie”. Nie była to jeszcze pora ekumenizmu...

Gdy w „Głosach Katolickich” wydawanych przez jezuitów w Krakowie napotkał sformułowanie nie dość jego zdaniem precyzyjne, mogące w kimś wzbudzić podejrzenie, że Jezus Chrystus nie jest Bogiem („według woli Boga i Pana Jezusa”), przestrzega przed takimi sformułowaniami.

Ojciec Beyzym śledzi z daleka, co się dzieje w ojczyźnie w dziedzinie wiary. Wiele spraw niepokoi go i dlatego modli się za Kościół i wiarę w Polsce. Do takiej modlitwy wzywa i zachęca innych. Wśród swoich trędowatych budzi cześć i miłość do Stolicy Świętej i do Ojca Świętego. Zachęca chorych, by napisali list do Piusa X, prosząc go o błogosławieństwo i o portret papieża. Ojciec Beyzym miał zamiar oprawić ten portret i umieścić w kaplicy szpitalnej. Był to żywy wyraz jego wiary w Kościół święty i w szczególną rolę widzialnej głowy tego Kościoła.

Wiara przenika całe jego życie i inne przejawy jego duchowości. Jak żył w wierze, tak też umierał w wierze, z Imieniem Jezusa i Maryi na ustach, prosząc z ufnością i pokorą o zbawienie swej duszy.