Pierwszym jezuitą, który przybył do Rosji, był Włoch Antonio Possevino, który jako legat papieski doprowadził do zawarcia rozejmu w Jamie Zapolskim (1582 r.) między Stefanem Batorym a Rosją. Następnie o. Possevino przybył do Moskwy, by rozmawiać z carem Iwanem Groźnym o unii między Kościołem prawosławnym a Rzymem. Misja ta zakończyła się całkowitym niepowodzeniem, ale o. Possevino napisał wtedy "Moscovię", najlepsze w owych czasach dzieło o Rusi Moskiewskiej.
Polscy jezuici jako kapelani wojskowi towarzyszyli magnatom oraz królowi Władysławowi IV w wyprawach na Moskwę na przełomie XVI i XVII wieku. Ojciec Kasper Sawicki, kapelan Maryny Mniszchówny (żony Dymitra Samozwańca podającego się za cudownie ocalałego carewicza Dymitra, syna Iwana Groźnego), był szczególnie zaangażowany w próby przywrócenia jedności między Rzymem a Moskwą. Działalność tych jezuitów nie przyniosła jednak żadnych rezultatów, a ponieważ była bardzo mocno związana z polską polityką dążącą do podporządkowania Rosji Polsce, dlatego też przez samych Rosjan zawsze była oceniana negatywnie.
Jezuici wydatnie przyczynili się natomiast do zawarcia w 1596 roku unii brzeskiej, dzięki której duża część prawosławnych na Ukrainie i Białorusi powróciła do jedności z papieżem. Paradoksalnie unia brzeska stała się impulsem do reformy Kościoła prawosławnego, szczególnie na terenie Ukrainy. Dzięki swoim kilkudziesięciu szkołom istniejącym na Kresach Wschodnich Rzeczypospolitej jezuici mieli wielki wpływ na rozwój kultury i wiary na terenie dzisiejszej Ukrainy, Białorusi, Łotwy, Litwy, a także Rosji.
Na przełomie XVII i XVIII wieku, w okresie reform Piotra I, jezuici czescy założyli w Moskwie placówkę misyjną, a później – w Petersburgu – jedną z pierwszych szkół średnich w Rosji, która cieszyła się wielką popularnością wśród rosyjskiej arystokracji. Na tych placówkach pracowali również polscy jezuici.
Jezuici wielokrotnie próbowali przez Syberię dotrzeć do swoich misji w Chinach. Jednak z powodu sprzeciwu ze strony rosyjskich władz udało się to tylko raz, w 1721 roku, włoskiemu jezuicie Nicolowi Gianpriamowi.
Po kasacie zakonu
W 1773 roku, kiedy doszło do kasaty Towarzystwa Jezusowego, w wyniku pierwszego rozbioru Polski część polskich jezuitów, pracujących na terenie dzisiejszej Białorusi, znalazła się pod panowaniem Katarzyny Wielkiej, która zażądała, aby kontynuowali oni swoją pracę w Rosji, szczególnie w dziedzinie edukacji. Kolegia w Połocku, Dyneburgu, Witebsku, Orszy i Mohylewie odegrały wielką rolę w rozwoju systemu oświaty w Rosji carskiej. Później jezuici „białoruscy” założyli też szkołę i internat w Petersburgu, gdzie studiowała młodzież z najsławniejszych rodów arystokratycznych Rosji. Car Aleksander I oddał jezuitom stojący w centrum Petersburga kościół św. Katarzyny. Przed wydaleniem jezuitów z Rosji w 1820 roku zdążyli oni jeszcze założyć pierwsze katolickie parafie na Syberii w Tomsku i Irkucku, wiele parafii i szkół nad Wołgą wśród niemieckich osadników oraz misję w Mazdoku na Kaukazie.
Działalność po wznowieniu zakonu
Mimo kasaty jezuici kontynuowali swoją działalność w Rosji. Dzięki temu Towarzystwo Jezusowe mogło tak szybko się odrodzić po jego powtórnym zatwierdzeniu przez papieża w 1814 roku. W Imperium Rosyjskim już w 1801 roku papież oficjalnie wznowił zakon. Na początku po kasacie w Rosji pracowali tylko polscy jezuici, później zaczęli tu przyjeżdżać jezuici z całego świata. W Petersburgu miał swoją siedzibę wikariusz generalny zakonu o. Gabriel Gruber SJ, z pochodzenia Słoweniec, a później pierwszy Generał Zakonu po kasacie o. Tadeusz Brzozowski SJ, sprawujący tę funkcję w latach 1805-1820. Pierwsi jezuici, którzy wrócili do Polski w 1820 roku, pochodzili właśnie spośród jezuitów białoruskich i osiedlili się między innymi w Starej Wsi.
W XIX i na początku XX wieku kilku znanych Rosjan zostało jezuitami, w tym książę Iwan Gagarin. Po konwersji na katolicyzm przez władze carskie byli traktowani jako zdrajcy i musieli z Rosji uciekać. Położyli oni podwaliny pod przyszły dialog ekumeniczny z prawosławnymi.
W latach 1877-1905 kilkunastu polskich jezuitów z Galicji za zgodą papieża potajemnie jeździło na Podlasie w zaborze rosyjskim i tam otaczało opieką duszpasterską prześladowanych grekokatolików. W Warszawie założyli sklep, który był przykrywką dla działalności konspiracyjnej. Kilku z nich zostało jednak uwięzionych przez carską policję.
Czasy po rewolucji październikowej i sowieckie represje
Po rewolucji październikowej amerykański jezuita o. Edmund Welsh z ramienia Watykanu organizował pomoc dla głodującej Rosji. To właśnie on wywiózł ze Związku Radzieckiego do Rzymu, jadąc przez Odessę i Istambuł, relikwie św. Andrzeja Boboli. Rektor Instytutu Wschodniego w Rzymie, francuski jezuita, bp Michael d’Herbigny po 1925 roku kilkakrotnie jeździł do Rosji, gdzie w konspiracji wyświęcił kilku biskupów. Niestety, o. d’Herbigny nie miał świadomości, że cały czas jest inwigilowany przez NKWD, i wszyscy nowo wyświęceni biskupi zostali aresztowani.
W czasach pontyfikatu Piusa XI jezuici założyli w Rzymie Russicum, które przygotowywało duchowieństwo do pracy w bolszewickiej Rosji. W tym czasie w Albertynie na polskich Kresach zaczęła działać Misja Wschodnia, która przygotowywała jezuitów do pracy w Rosji Radzieckiej.
Podczas drugiej wojny światowej i w czasach stalinowskich wielu jezuitów zostało skazanych na radzieckie łagry. Siedemnastu z nich zginęło na terytorium ZSRR. Jednym z nich był o. Edward Profittlich SJ, Niemiec, który część formacji zakonnej odbył w Polsce. Od 1931 roku był administratorem apostolskim Estonii, a od 1936 arcybiskupem. W 1941 roku został aresztowany i wywieziony do więzienia w mieście Kirów (Wiatka) w Rosji. Tam skazano go na śmierć przez rozstrzelanie. 22 lutego 1942 roku zmarł w kirowskim więzieniu, zanim wykonano wyrok. O. Walter Ciszek, amerykański jezuita polskiego pochodzenia, członek Misji Wschodniej, w 1940 roku dobrowolnie wyjechał na Ural. Szybko został aresztowany jako szpieg i uwięziony na moskiewskiej Łubiance. Dziesięć lat spędził w łagrze w Norylsku na północy Syberii. W 1963 roku wymieniono go na radzieckiego szpiega i dzięki temu wrócił do Stanów Zjednoczonych. Swoje więzienne przeżycia opisał w książce "Z Bogiem w Rosji". Obecnie toczy się jego proces beatyfikacyjny. O. Wiktor Nowikow SJ, który 15 lat spędził w łagrach, jako ostatni jezuita z Misji Wschodniej w 1979 roku zmarł w Belebej na Uralu, gdzie był wykładowcą łaciny w Akademii Medycznej.
Jezuici z prowincji litewskiej po nastaniu sowieckiej okupacji przeszli do podziemia, podejmując jednocześnie wyprawy misyjne na Syberię i do radzieckiej Azji Centralnej, by otoczyć tam duszpasterską opieką zesłańców. W latach 70. ubiegłego wieku o. Albinus Dubauskas SJ z Litwy założył parafię w Karagandzie w Kazachstanie. Ojciec Albinus założył też podziemny nowicjat, do którego wstąpiło wielu młodych ludzi, by później kontynuować naukę w seminarium w Rydze. Pod koniec komunizmu jezuici mieli już parafie w Kazachstanie, Kirgizji, Tadżykistanie i Rosji – w Pawłodarze, Astanie, Aktiubińsku, Biszkeku, Duszanbe i Marksie.
Po upadku ZSRR
Zaraz po upadku ZSRR jezuici zostali oficjalnie zarejestrowani i rozpoczęli pracę przy odrodzeniu Kościoła katolickiego w byłych republikach radzieckich. Pierwszym przełożonym został o. Stanisław Opiela SJ. Obecnie kilkudziesięciu jezuitów z kilkunastu różnych krajów, w tym wielu Polaków, pracuje w Rosji, na Białorusi, Litwie, Łotwie, Ukrainie, w Armenii, Kazachstanie i Kirgistanie. Jezuici prowadzą seminarium w Nowosybirsku, Instytut Teologiczny w Moskwie, szkołę w Tomsku, domy rekolekcyjne na Ukrainie, w Rosji i Kirgistanie, a także placówki misyjne wśród muzułmanów w Kirgistanie. Pojedynczy jezuici pracują na Białorusi i w Armenii. Na Wschodzie jest dwóch biskupów jezuitów: Józef Werth w Nowosybirsku i Nikołaj Messmer w Biszkeku – obydwaj wstąpili do podziemnego nowicjatu w czasach ZSRR. Wielu młodych rosyjskich jezuitów zakończyło nowicjat lub studiowało filozofię w Polsce.
Polscy misjonarze w Regionie Rosyjskim to: o. Jerzy Karpiński SJ, o. Stanisław Pomykała SJ, o. Ryszard Matejuk SJ, br. Jerzy Zadwórny SJ, o. Krzysztof Korolczuk SJ, o. Remigiusz Kalski SJ, o. Adam Malinowski SJ, o. Piotr Aszyk SJ, o. Edward Smaga SJ, o. Piotr Sasin SJ, o. Tadeusz Sarota SJ, o. Krzysztof Homa SJ, o. Stanisław Smolczewski SJ, o. Józef Chromik SJ, o. Henryk Dziadosz SJ, o. Marian Gołąb SJ, o. Tadeusz Mól SJ, o. Robert Mól SJ, o. Janusz Cechowy SJ, o. Marek Blaza SJ i niżej podpisany.