Konflikt z możnowładcami oraz kasata zakonu
Ze względu na swoją dyspozycyjność oraz lojalność wobec Kościoła i papieża jezuici stali się niewygodni dla wrogich Kościołowi dworów panujących w Europie. Najpierw zostali wydaleni przez Burbonów z Portugalii, Francji, Hiszpanii i Sycylii, a później ostatecznie skasowani przez uległego naciskom panujących papieża Klemensa XIV. Breve kasacyjne Dominus ac Redemptor noster papież podpisał „ołówkiem na parapecie” 21 lipca 1773 roku. Zostało ono następnie odczytane wszędzie z wyjątkiem Prus oraz ziem wcielonych do Rosji wskutek pierwszego rozbioru Polski. Caryca Katarzyna II, manifestując swoją niezależność od papiestwa, nie zgodziła się na proklamowanie na podległych jej ziemiach owego kasacyjnego breve. W myśl zasady kościelnego prawa kanonicznego ustawa nieogłoszona nie obowiązuje, dlatego jezuici w zaborze rosyjskim mogli kontynuować swoją działalności aż do roku 1820.
Po 41 latach od kasaty 7 sierpnia 1814 roku papież Pius VII bullą Sollicitudo omnium ecclesiarum formalnie przywrócił zakon jezuitów do istnienia w całym Kościele.
Działalność misyjna jezuitów po 1814 roku
Okres po roku 1814 był czasem wzmacniania i stabilizacji odradzającego się Towarzystwa Jezusowego, czasem wzmacniania duchowej i intelektualnej formacji jezuitów. Niemniej odradzający się zakon nie mógł zapomnieć o swoim ważnym posłannictwie: misjach. Holenderski jezuita o. Jan Roothaan, który 9 lipca 1829 roku, podczas XXI Kongregacji Generalnej został wybrany Generałem zakonu, zwrócił na to szczególną uwagę. W liście De missionum exterarum desiderio (1833 r.) wezwał ochotników do wyjazdu na misje. Pod koniec jego rządów (1853 r.) na misjach w Ameryce, Afryce i Azji pracowało już ponad tysiąc jezuitów. Jezuici z Galicji, gdzie w 1820 roku osiadło wielu jezuitów z Białorusi, nie mieli możliwości prowadzenia misji z racji braku ludzi. Dopiero od połowy XIX wieku polscy jezuici rozpoczęli masowy udział w misjach zagranicznych: w Mozambiku, Kongo, Zambii, Zimbabwe, na Madagaskarze, w Indiach i Brazylii. Wydawali też pierwsze pisma misyjne, w tym „Misje Katolickie”.
Misje w Mozambiku
Początki misji jezuickich w Mozambiku sięgają pierwszej połowy XVI wieku. Pierwszymi misjonarzami, którzy zakładali tam misyjne placówki, byli Portugalczycy. Natomiast pierwszym polskim jezuitą, który zatrzymał się u wybrzeży Mozambiku, podróżując do Chin na przełomie lat 1643 i 1644, był o. Michał Piotr Boym. Jednak jeszcze w 1644 roku udał się on w dalszą drogę do Makao. W 1759 roku jezuici zostali wypędzeni z Mozambiku. Dopiero w 1879 roku Kongregacja Rozkrzewiania Wiary ustanowiła „Misję Zambeską” i powierzyła ją jezuitom. W jej skład weszły: terytorium dzisiejszego Mozambiku, Zimbabwe oraz Zambii i Malawi. W 1881 roku powrócili tam jezuiccy misjonarze i wznowili swoją misyjną posługę.
Wśród pracujących tam portugalskich misjonarzy był także jezuita z prowincji galicyjskiej o. Emmanuel Gabriel SJ. Pełnił on obowiązki wikariusza generalnego, a następnie przełożonego całej tamtejszej jezuickiej misji. W latach późniejszych do pracy w mozambickiej misji dojechali inni jezuici z prowincji galicyjskiej, ale nie na długo. Kres rozwijającym się misjom w Mozambiku położyła portugalska rewolucja w 1910 roku. Jezuiccy misjonarze zostali ponownie wypędzeni z Mozambiku. Schronienie znaleźli w angielskich koloniach w Rodezji Północnej. Łącznie w tym czasie w Mozambiku pracowało 11 polskich jezuitów.
W czasach współczesnych misjonarzem w Mozambiku był o. Mirosław A. Matyja SJ. Od roku 2004 posługiwał w parafiach w Beira, Fonte Boa i Lifidzi, w regionie Angonii, na granicy z Malawi i Zambią. Następnie w stolicy Maputo, gdzie do roku 2011 pełnił rolę administratora Regionu Towarzystwa Jezusowego w Mozambiku.