Jak wiemy, większość mieszkańców Kirgizji to muzułmanie, ale nie zawsze tak było. We wczesnym średniowieczu w Azji Środkowej i Centralnej poja­wili się manichejczycy – sekta, która wyrosła z chrze­ścijaństwa (w młodości manichejczykiem był np. św. Augustyn). Później, w okresie Kaganatu Tureckiego, na tym terenie bardzo rozprzestrzenił się nestoria­nizm. Nestorianie wywodzą się z nauczania potępio­nego przez Sobór Efeski w 431 roku patriarchy Kon­stantynopola Nestoriusza, który głosił niezgodne z katolicką doktryną poglądy dotyczące Chrystusa oraz Bożego Macierzyństwa Maryi. Prześladowani przez Cesarstwo Bizantyjskie nestorianie przenieśli się do Persji (obecny Iran), a później rozprzestrzenili się wśród wielu tureckich i mongolskich narodów. Nawet niektórzy z chanów mongolskich sympatyzo­wali z nestorianami i pozwalali ochrzcić swoje dzie­ci i żony. Chrześcijanami-nestorianami zostali np. Kereici, Onguci i Ujgurzy. Podczas jednej z wojen, które Cesarstwo Bizantyjskie toczyło z Turkami, Bizantyjczycy ku swojemu ogromnemu zdziwieniu spostrzegli, że ich wrogowie mają na czołach wyta­tuowane krzyże. Już wcześniej nestorianami zostali Sogdyjczycy, wywodzący się z Azji Środkowej naród, zajmujący się przede wszystkim kupiectwem, który na całym Jedwabnym Szlaku zakładał swoje miasta. W końcu nestorianie dotarli także do Chin, gdzie w 745 roku zostali oficjalnie uznani przez władze.

W tym okresie w całej Azji Centralnej koczow­nicze narody nieustannie wędrowały i ze sobą wal­czyły, dlatego często trudno zlokalizować, gdzie w danej chwili żył dany naród i w związku z tym trudno też powiedzieć, ilu chrześcijan-nestorian żyło na terytorium współczesnego Kirgistanu. Do dziś zachowały się jednak na Jedwabnym Szlaku ich klasztory i grobowce, jak np. tak zwany karawan-sa­raj w Tasz-Rabat. W czujskiej dolinie zachował się nawet grobowiec ormiańskiego biskupa.

W XIII-XIV wieku, w okresie mongolskich pod­bojów, do Azji Centralnej dotarli katoliccy misjo­narze i wysłannicy papieży do chanów. Pierwszym z nich był Włoch, arcybiskup Plano Carpini (prze­bywał w stawce chana w latach 1246-1247) i fran­ciszkanin Rubryk. W końcu wykształcony w duchu chrześcijańskim chan Kubiłaj, choć sam nieochrz­czony, przez słynnego kupca i podróżnika Marko Polo poprosił papieża, by ten przysłał do Pekinu katolickich kapłanów. Misję tę wypełnił franciszka­nin Giovanni Montecorvino, który w 1289 roku zo­stał pierwszym arcybiskupem opanowanych przez Mongołów Chin i tym samym katoliccy zakonnicy mogli zajmować się działalnością misyjną wśród na­rodów Azji. Montecorvino ochrzcił między innymi mongolskiego księcia Korguza. W tym samym czasie ilchanowie – czyli mongolscy władcy Persji i Iraku – bardzo sprzyjali chrześcijaństwu i nawet zorganizo­wali własną wyprawę do Ziemi Świętej, aby wyzwo­lić ją z rąk muzułmanów. Ilchan Abaga w 1268 roku wysyłał listy do papieża Klemensa IV i Mikołaja III, w których proponował wspólną wyprawę krzyżową przeciw egipskim Mamelukom. Niestety, z czasem działalność nestorian i katolików wśród ludów tu­reckich i mongolskich zamiera.

Współcześnie pierwsi katolicy pojawili się w Kirgistanie pod koniec XIX wieku. Byli to niemiec­cy osiedleńcy w Tałasie, a także Polacy: oficerowie i urzędnicy w carskiej służbie, przedsiębiorcy i in­żynierowie. Wielu z nich to potomkowie zesłańców z okresu powstań, inni znowu przyjeżdżali do Kirgi­zji z nadzieją na lepsze życie. W Oszu w 1897 roku 15 proc. białych mieszkańców to katolicy. W tym czasie w Kirgizji nie było katolickiej parafii i tylko od czasu do czasu przyjeżdżali tam księża z Taszkientu. Po rewolucji bolszewickiej do Kirgizji przybyli ze­słańcy katolicy – rozkułaczeni Niemcy znad Wołgi, a następnie Polacy ze wschodniej Ukrainy i rozkuła­czeni Ukraińcy grekokatolicy. Po zaatakowaniu przez Hitlera ZSRR miała miejsce największa fala zesłań­ców: to przede wszystkim Niemcy nadwołżańscy, Polacy z Kresów Wschodnich, Litwini, Koreańczycy z Dalekiego Wschodu i pod koniec wojny grekoka­tolicy – Ukraińcy z zachodniej Ukrainy. Liczbę tych katolików szacuje się na dziesiątki tysięcy.

Kiedy w 1941 roku w Dżalalabadzie zaczyna się organizować 5. Dywizja Piechoty gen. Andersa, wtedy także otwiera się tam tymczasowy kościół z katolickimi księżmi sprawującymi opiekę duszpa­sterską nad polskimi żołnierzami i ich rodzinami. Większość tych ludzi opuściła Kirgizję w trakcie lub zaraz po zakończeniu wojny. Do połowy lat 50. XX wieku życie religijne katolików w Kirgizji toczyło się w podziemiu. Kapłanów nie było, ponieważ więk­szość z nich zesłano w tym czasie do łagrów. W 1955 roku największa wspólnota katolików (Niemców) w Kirgizji, która żyła w miasteczku Luksemburg, po raz pierwszy podjęła próbę uzyskania oficjalnej rejestracji. W tym samym czasie w Kirgizji istniały też inne wspólnoty, między innymi w: Frunze, Tok­moku, Kancie, Dżalalabadzie, Oktiabrskom i Suza­ku. W drugiej połowie lat 50., po wyjściu z łagru, do Luksemburga przyjechał litewski kapłan Antoni Szyszkiewiczius (Шишкевичус). Pod jego kierow­nictwem w 1961 roku miejscowi katolicy podjęli kolejną próbę zarejestrowania parafii we wspomnia­nym Luksemburgu i w wypadku odmowy zagrozili zorganizowaniem „marszu i buntu”. Reakcja władz była jednoznaczna: ks. Szyszkiewiczius został aresz­towany i dwa lata przebywał w więzieniu w Oszu, zaś kilku najgorliwszych parafian zesłano na prowincję. Kaplica natomiast została zlikwidowana.

W latach 60. do Kirgizji przybył ks. prałat Mi­chael Keller, były więzień łagrów, ostatni z żyjących w Związku Radzieckim kapłan diecezji tyraspol­skiej, położonej w południowej Rosji i składającej się w większości z Niemców.

Ks. Kellerowi w 1969 roku udało się nie tylko zarejestrować parafię św. Michała Archanioła w Bisz­keku, ale także wybudować istniejący do dziś kościół przy ul. Wasiliewa 197. Z czasem większość katoli­ków w Kirgizji związała się właśnie z tą parafią. Ofi­cjalnie katolików było kilkuset. Do Biszkeku przy­jeżdżali z oddalonych miejsc republiki. W tym czasie w parafii pracował także ojciec Bohdan Todawczicz (Тодавчич), Ukrainiec, greckokatolicki mnich ba­zylianin, który po śmierci prałata Kellera w 1983 roku został proboszczem. Prawie 100 proc. parafian w tym czasie to Niemcy, dlatego też Msze święte od­prawiano po niemiecku. Na codziennej Mszy mo­dliło się około 20-30 osób. Rocznie bywało do 100 i więcej chrztów, co znaczy, że kontakt z parafią mia­ło kilka tysięcy wiernych. Władze i KGB starały się, jak mogły, kontrolować życie parafii, między inny­mi próbując werbować wśród parafian donosicieli i izolując od parafii młodzież. W tym czasie Biszkek, obok Karagandy, stał się najważniejszym centrum katolicyzmu w sowieckiej Azji.

W latach 80. ubiegłego wieku Kirgizję zaczęli opuszczać Niemcy i powoli parafia w Biszkeku sta­ła się wielonarodowa. Wkrótce Mszę świętą zaczę­to odprawiać po rosyjsku. W 1989 roku w Biszkeku rozpoczął pracę duszpasterską jezuita ojciec Mikołaj Messmer. W 1991 roku, po ustanowieniu Admini­stratury Apostolskiej w Karagandzie, parafia w Bisz­keku została podporządkowana jej biskupowi Janowi Pawłowi Lendze. W 1997 roku ojca Mikołaja zastą­pił jezuita ojciec Aleksander Kahn i Kościół w Kir­gizji jako Missia Sui Iuris został podporządkowany bezpośrednio papieżowi. W 2006 roku papież usta­nowił w Kirgizji Administraturę Apostolską, której pierwszym biskupem został o. Mikołaj Messmer. W Kirgizji pracuje dziś kilku jezuitów, jeden ksiądz diecezjalny i kilka sióstr franciszkanek, które pro­wadzą społeczne centrum Pro Homine. W Biszkeku znajduje się także przedstawicielstwo dyplomatycz­ne Watykanu – Nuncjatura Apostolska. Nuncjusz abp Józef Wesołowski na stałe przebywa w Astanie.

Oprócz parafii w Biszkeku księża i siostry za­konne odwiedzają około 30 rozsianych po całym kraju katolickich wspólnot. Liczą one od kilku do kilkudziesięciu wiernych. Kaplice znajdują się w Ta­łasie i Dżalalabadzie (gdzie na stałe mieszkają księża i siostry), a także w wiosce Kamyszanowce. W po­zostałych miejscowościach Msza święta jest odpra­wiana w prywatnych mieszkaniach. Są to: Sokołuk, Biełowodsk, Czołdowar, Dżanydżer, Oktjabrskoje, Wojenna Antonowka, At Baszy, Iwanowka, Stancja Iwanowka, Luksemburg, Sadowoje, Tuz, Serafimow­ka, Rot Front, Karakol, Osz. Katolicy regularnie od­wiedzają kilka domów inwalidów, domów starców i więzień.