Wierząc w Boga, ufając Mu i miłując Go i Jego większą chwałę, ojciec Jan Beyzym poddawał się z wiarą, nadzieją i miłością świętej i dobrej woli Bożej. Bardzo często w jego listach spotykamy wyrażenie fiat voluntas Dei lub po polsku „dziej się wola Boża”: „We wszystkim dziej się wola Boża”.
W doli i niedoli dziej się wola Boża
We wszystkim, a więc w doli i niedoli, częściej w niedoli, wśród trudności, przeszkód i utrapień, gdy „wszystko szło jak z kamienia”, gdy trzeba było płynąć „pod prąd”, gdy z winy innych budowa szpitala opóźniała się latami – fiat voluntas Dei.
Jeśli chodzi o wolę Bożą, ojciec Beyzym jest gotów na wszystko, nie chcąc w niczym pełnić swojej woli. Męczy go bardzo czekanie na rozpoczęcie budowy schroniska, bo widzi nędzę materialną i duchową powierzonych mu chorych. Pragnie więcej zdziałać dla chwały Bożej, a tu „Pan każe czekać. Dziej się wola Boża”. Przeoryszy Karmelu łobzowskiego skarży się na opóźnienie robót budowlanych, bo dusze giną, bo straty materialne rosną, ale dziej się wola Boża.
Parokrotnie przeżywa ojciec Beyzym niepokój płynący z zagrożenia. Oto rząd francuski nosi się z zamiarem usunięcia misjonarzy z kolonii, a więc i z Madagaskaru. Jedynym zabezpieczeniem jest wola Boża we wszystkim. Rząd chce misjonarzy wyrzucić, ale „zrobią tyle, na ile Pan Jezus pozwoli. Dziej się wola Boża we wszystkim”. W każdym zagrożeniu, w każdej niepewności losu – fiat voluntas Dei.
Wszyscy i wszystko w ręku Boga, a On wie, co nam do zbawienia jest potrzebne, „więc dziej się wola Twoja”. Dlatego nie trzeba upadać na duchu. „Moją rzeczą jest pełnić wszędzie i zawsze wolę Bożą”. Miłość woli Bożej i całkowite zdanie się na nią jest dla ojca Beyzyma źródłem wewnętrznego pokoju i świętej obojętności, czyli gotowości na wszystko. Chciałby mieć w szpitalu polskie szarytki, wydaje się to jednak nierealne; proponują mu siostry św. Józefa de Cluny – niech się dzieje wola Boża. W 1903 roku ojciec Beyzym bardzo samotnie przeżywa Wigilię i Boże Narodzenie, ale ponieważ taka jest wola Boża, „czułem się szczęśliwy”.
Z pomocą Matki Bożej
Ojciec Beyzym często odwołuje się do Matki Bożej, która wie, co jest dla większej chwały Jezusa, i dlatego ufnie poddaje się woli Bożej z Jej pomocą. Woli Bożej poddaje się nie tylko ulegle, ale modli się o jej spełnienie, bo jej pragnie. Wola Boża jest dla niego jak dla Jezusa – pokarmem (por. J 4, 34).
Wierzył głęboko, że na świecie nic się nie dzieje bez woli Bożej. Dlatego choć bieda, choć deszcz pada przez dziurawy dach na ołtarz podczas Mszy św., choć sytuacja chorych i jego wygląda beznadziejnie, „nie użalam się, tak Pan Bóg chce, tak dopuszcza, dziej się Jego najświętsza wola”.
Jego misja na Sachalinie napotyka na liczne trudności, ale on ufa i zdaje się na wolę Bożą i „zarządzenie Matki Najświętszej”, bo jest przekonany, że od Niej ma powołanie i na Madagaskar, i na Sachalin.
Gdyby nie wola Boża, toby „zwariował lub wściekł się” wśród trudności. To Ona daje mu siłę, męstwo i pokój. Gdyby nie ufał Maryi i nie miłował woli Bożej, dawno by poprosił o odwołanie go do kraju; trzeba jednak trwać do końca – fiat voluntas Dei.
W uległości woli Bożej wzoruje się ojciec Beyzym na św. Józefie, który umiał czekać w Egipcie na znak od Anioła: Esto ibi usque dum dicam tibi („Zostań tam tak długo, aż ci powiem”).
Co do ewentualnej trasy swej upragnionej podróży na Sachalin – czy przez Kraków, gdzie chciałby bardzo odwiedzić umiłowany Karmel łobzowski, czy z ominięciem Krakowa – zdaje się całkowicie na wolę Bożą, na rozporządzenie Matki Najświętszej.
Ojciec Beyzym pragnął gorąco, żeby i trędowaci pełnili wolę Bożą. To pragnienie i tę nadzieję wiązał z ich nabożeństwem do Matki Bożej. Gdy Ją pokochają, „będę o nich spokojny, wszystko będzie w porządku według najświętszej woli Pana Jezusa”.
Pragnie śmierci, bo tęskni za oglądaniem Maryi w niebie, ale dziej się wola Boża. Chwała Boża i wola Boża były jego umiłowaniem w życiu i śmierci. Wszystkie jego źródła były w Bogu, którego chwała jest wielka, a wola dobra (por. Ps 87, 7).